Kuro Daijuhji es un detective especializado en ocultismo, con muchas deudas por pagar, sin un gran caso que resolver, pero un día su suerte cambia, al ser llamado por una importante familia para realizar un trabajo muy importante.

Esa familia es la dueña de la compañía HADO, la mas poderosa de la ciudad de Arkham City, un mundo donde la magia y la ciencia conviven de la mano. Cuando llega ahí se encuentra con la presidenta de la compañía, una pequeña niña llamada Ruri, quien le pide que le busque un misterioso libro mágico. Ruri busca ese libro para poder saber como activar un robot gigante que le había dejado su padre.

En medio de la investigación, se encuentra con una extraña chica que es perseguida por una banda, los demoníacos Black Lodge. Kuro queda en medio de la reyerta y no le queda otro camino que escapar con esta chica, Al Azif, pero llega el momento que no tienen más escapatoria y Al Azif le dice a Kuro que pacte con ella ya que siente un poder mágico en él.

Al terminar el "rito" Kuro se convierte en un ser con un poder extraordinario pero el enemigo tiene un gran robot para contraatacar. Aru usa su poder mágico para invocar al legendario Deus Machina, Demonbane, que era el robot que tenía Ruri. Ahora deberán luchar contra esta organización que busca a Kuro y a Aru por algún propósito misterioso...