La historia está enmarcada en la guerra que libran las razas alienigenas de los "Zentraedis" (hombres alienígenas) y las "Meltraendi" (mujeres alienígenas) por la posesión de la SDF-1 "Macross", la cual es la clave para descubrir el enlace que une a los alienígenas con sus ancestros a los cuales ellos llaman "Protocultura". Los Zentraedi, atraviesan la galaxia con destino a la Tierra. Con un ejército de naves que se cuenta por millones y una tecnología mucho más avanzada que la de los humanos, los Zentraedi no necesitarán demasiado tiempo para acabar con la raza humana y recuperar una de sus naves, que se estrelló en el planeta tiempo atrás. Los humanos no tienen mucho donde escoger para escaparse de su aniquilación, así que deciden salvar a los habitantes de la isla donde cayó "Macross", la nave alienígena, usándola para abandonar el planeta, dirigiéndose más allá de los límites del Sistema Solar. Siendo los Zentraedi los nuevos amos del planeta, sólo el tiempo dirá si alguna vez podrán volver a la Tierra y vencerles.

La película es una versión comprimida de la serie de TV original, desarrollándose como un relato alternativo a la serie y cronológicamente coincidente en el universo de Macross. Otro gran clasico de la animación japonesa.